W roku 1679 zakończyły się trwające ponad 150 lat procesy, jakie zakon franciszkanów reformatów prowadził z radą miejską Wrocławia. W zamian za zabrany klasztor rada wyznaczyła wtedy zakonowi nową działkę, przy ulicy św. Antoniego (wówczas jeszcze Psiej). W miejscu wybudowanej w 1678 r. prowizorycznej kaplicy wrocławski mistrz budowlany – Matthäus Biener (1630–1692) – rozpoczął w maju 1685 r. budowę klasztornego kościoła pw. św. Antoniego, według planów nieznanego z nazwiska architekta włoskiego. Biskup wrocławski, Franz Ludwig Neuburg, w asyście duchowieństwa, szlachty i mieszczan położył kamień węgielny pod budowę świątyni 10 maja tegoż roku. Już w roku następnym uczeń Bienera, Martin Löffler, zrealizował w kościele sklepienie jako swój majstersztyk. Budowę ukończono w roku 1692 i 14 grudnia kościół został poświęcony. Natomiast 19 maja 1709 r. biskup wrocławski Anton Ignaz Münzer, dokonał uroczystej jego dedykacji.

    Kościół św. Antoniego jest pierwszym obiektem, który reprezentuje nowy typ rozwiązania architektonicznego, później bardzo popularnego na Śląsku - kościoła emporowo-halowego o jednoprzestrzennej nawie i prezbiterium z dobudowanym po obu stronach nawy systemem płytkich kaplic i empor nad nimi. Takie pośrednie oświetlenie wnętrza tworzyło nastrój tajemniczości (jedynie przęsło

tuż przed prezbiterium dawało wyraźniejsze światło) i spajało je w pewną organiczną całość architektoniczną. Wnętrze kościoła jest w sumie bardzo skromne. Masywne filary zostały w partii empor przeprute wąskimi otworami zapewniającymi komunikację, a czoła tych filarów wzbogacono pilastrami biegnącymi w dwóch kondygnacjach. Nawę przekrywa sklepienie kolebkowe z lunetami.

    Trójosiowa fasada, utrzymana w jednej linii ze zwartą zabudową ulicy, nie jest jednak pozbawiona monumentalności. Podziały architektoniczne akcentuje system zdwojonych pilastrów na całej jej wysokości, równoważony przez wydatny gzyms. Szczyt z trójkątnym naczółkiem podkreśla wertykalizm rozwiązania. Oś środkową wyznacza skromny, niewielkich rozmiarów kamienny portal z figurą św. Antoniego, umieszczoną w niszy przerywającej naczółek portalowy, a wyżej – w partii szczytu – owalne okno i nisze po jego obu stronach. Niewielkie spływy po bokach zakończone są boniowanymi obeliskami. Stosunkowo niska, prosta wieża zwieńczona hełmem usytuowana została w południowo-wschodnim narożniku.

    Z wyposażenia wnętrza kościoła wyróżniają się: ołtarz główny św. Antoniego z 1710 r., ołtarz św. Judy Tadeusza ze snycerką wykonaną w 1725 r. przez znakomitego rzeźbiarza Johanna Georga Urbańskiego, klasycystyczna ambona z 1795 r. oraz pełnofigurowe rzeźbiarskie Ukrzyżowanie z ołtarza bocznego, piękne i dramatyczne w swoim wyrazie.

    Całą tylną ścianę prezbiterium zajmuje ołtarz główny o charakterze architektonicznym z figurami św. Ambrożego i św. Augustyna stojącymi między kolumnami. Głównym akcentem ołtarza w jego golnej kondygnacji jest piękny, barokowy obraz Wizja świętego Antoniego Padewskiego przedstawiający świętego adoreującego Świętą Rodzinę otoczoną przez unoszące się Aniołki. Obraz jest autorstwa Michaela Leopolda Willmanna największego malarza okresu baroku na Śląsku. W kondygnacji drugiej centralne miejsce zajmował zaginiony owalny obraz przedstawiający Boga ojca i Gołębice Ducha świętego, zastąpiony obrazem z wyobrażeniem Matki Bożej z Dzieciątkiem otoczonej przez anioły. Wspomnieć należy jeszcze o ołtarzu przed prezbiterium – dawnym ołtarzu świętego Franciszka z Paoli z 1716 r., w którym umieszczona jest ikona Matki Bożej Częstochowskiej oraz o ołtarzach św. Krzyża (z 1711 r., przebudowany w 1750 r.) i św. Jana Kapistrana z 1711 r. Prawdziwą sensacją jest odnalezienie podczas prac remontowych wiosną 2010 r. obrazu z tego ołtarza przedstawiającego Jana Kapistrana który okazał się zaginionym dziełem Michaela Willmanna.

    Równocześnie z budową kościoła w latach 1680-1694 prowadzono prace przy wznoszeniu murowanego klasztor. Autorem projektu jego realizatorem był także Matthäus Biener, a po śmierci mistrza w końcu 1692 r. dzieło ukończył jego następca. Klasztor odznacza się bardzo prosta i funkcjonalna architekturą zabudowań założonych na planie czworoboku, z krużgankiem wokół urokliwego wirydarza ze studnią. Do klasztoru prowadzi skromny portal z rzeźbionym medalionem przedstawiającym św. Franciszka z Asyżu.

    W krótkim czasie klasztor franciszkanów stał się dużym konwentem, który prócz kleryków i braci świeckich liczył 16 ojców i należał do czeskiej prowincji zakonnej. Czas rodzinny Franciszkańskiej był podzielony między modlitwy studia i duszpasterską działalność. Archiwum klasztorne było solidnie rozbudowane, a bogate zbiory służymy pomocą przekształceniu kleryków. W 1718 r. na prośbę biskupa wrocławskiego niemiecki urząd tzw. Oberamt zmieni nazwę ulicy z Psiej na świętego Antoniego, a patronował jej wizerunek świętego z Padwy umieszczony nad portalem głównego wejścia do kościoła.

    W 1740 r. Prusy w wyniku działań wojennych zajęły Śląsk. W 1749 r. 22 czerwca o godzinie 03:30 nad ranem od uderzenia pioruna eksplodowała pobliska Wieża Prochowa, w której znajdowało się 557 cetnarów materiał wybuchowych. Zabudowa ulicy świętego Antoniego została poważnie uszkodzona zginęło 100 osób, 600 było rannych. Kościół z klasztorem uległ zniszczeniu, podobnie jak ołtarze, organy, ławki i okna, a walące się mury przysypały kilku zakonników. Wkrótce jednak przystąpiono do odbudowy.

    W końcu XVIII w. prężnie rozwijający się zakon franciszkanów został zmuszony do opuszczenia swego domu. Jego miejsce zajęły 2 lipca 1793 r. siostry elżbietanki, żeński konwent, który liczył wówczas 21 zakonnic i 5 sióstr świeckich. Te szybko rozpoczęły budowę szpitala na terenie zakonnego ogrodu, a także niewielkiego domu dla duchownych i dzwonnika, w podwórzu od strony ulicy.

    W nowej siedzibie siostryelżbietanki niedługo zaznały spokoju. Wojska napoleońskie, tocząc zwycięską wojnę z Prusami, przybyły pod Wrocław i od 16 listopada 1806 do 7 stycznia 1807 r. prowadziły oblężenie miasta. Francuzi otrzymali fałszywą informację, że w klasztorze przy ul. św. Antoniego znajduje się magazyn prochu i skierowali nań ogień swych dział. Klasztor został zrujnowany. Siostry z narażeniem życia gasiły liczne pożary, które wybuchały od pocisków. Chorzy zostali zgromadzeni pod mocnymi sklepieniami zakrystii. Siostry oblężenie szczęśliwie przeżyły, ale straty materialne spowodowane francuskim atakiem na klasztor były wielkie.

    Klasztor-szpital był celem odwiedzin królów i książąt. W 1818 r. konwent odwiedziła cesarzowa rosyjska Maria Fiodorowna oraz następca tronu pruskiego Wilhelm wraz z żoną. W 1836 r. siostra króla Prus ofiarowała szpitalowi obraz Świętej Trójcy, który odtąd znajdował się w mieszkaniu przełożonej.

    Z innych ważniejszych wydarzeń z historii kościoła trzeba wspomnieć o zarekwirowaniu dwóch kościelnych dzwonów przez niemieckie władze wojskowe w 1917 roku, które następnie zastąpiono mniejszymi w 1925 r. Wymieniono też stare konfesjonały na nowe w 1931 r.

    W czasie końcowych walk II wojny światowej Wrocław był oblegany przez Armię Czerwoną. W 1944 r. Niemcy ogłosili miasto twierdzą. Oblężenie Festung Breslau trwało od lutego do 6 maja 1945 r. Bombardowania, ostrzał artyleryjski, pożary i terror hitlerowski zniszczyły wspaniałe miasto. 5 marca od wybuchów bombowych w spichlerzach przy ul. św. Antoniego zginęło 8-10 osób. Sam kościół został tylko nieznacznie uszkodzony. Jak podaje w swym pamiętniku niemiecki proboszcz parafii św. Maurycego, ks. Paul Peikert, w dni powszednie nabożeństwa odbywały się w zakrystii.

    W roku 1946 elżbietanki opuściły klasztor w ramach tzw. akcji przesiedleńczej, a jego gospodarzami zostali księża salezjanie. W 1953 r. władze komunistyczne odebrały księżom budyne klasztorny, przeznaczając go na dom akademicki Uniwersytetu Wrocławskiego. Funkcję klasztoru pełni odtąd dom wzniesiony niegdyś przez siostry elżbietanki jako mieszkanie dla duchownych i dzwonnika.

    Od 1987 r. posługę w parafii pełnili księża diecezjalni, zaś od roku 1998 (28 czerwca) sprowadzeni z Jasnej Góry ojcowie paulini. Zgodnie z zamysłem ówczesnego Metropolity Wrocławskiego kard. Henryka Gulbinowicza kościół św. Antoniego stał się Sanktuarium Jasnogórskiej Matki Kościoła – Wrocławską Jasną Górą.

    W dniu Niepodległości 11 listopada 1998 r. sprowadzono z Jasnej Góry i uroczyście intronizowano Ikonę Jasnogórską. Z tej okazji dawny ołtarz św. Franciszka z Paoli, później Matki Bożej Różańcowej, w którym umieszczono ikonę, został poddany gruntownej restauracji. Przywrócono jego pierwotną białą barwę. W zwieńczeniu ołtarza umieszczono obraz przedstawiający Sanktuarium Jasnogórskie. W 2007 r. (6 grudnia) generał Zakonu Paulinów, o. Izydor Matuszewski, poświęcił nowy dzwon o imieniu „Maryja”, ufundowany z okazji jubileuszu 700-lecia nadania Reguły św. Augustyna Zakonowi Paulinów przez Stolicę Apostolską i 10-lecia posługi duszpasterskiej paulinów we Wrocławiu oraz otworzył uroczyście muzeum w kościele św. Antoniego.